他方で、マザーズ上場企業には、一部や二部上場の企業よりもさらに高い経営の
透明性と
情報公開が要求され続ける。マザーズ上場企業は、一部や二部で求められる法定開示やタイムリー
ディスクロージャーに加え、第一、第三四半期業績の開示と、投資に関する
会社説明会を年2回以上開催することが義務づけられている。
市場全体の
時価総額を示す指標として、マザーズでは
株価指数として
東証マザーズ指数が、
2003年9月16日より算出されている。マザーズ指数の算出は東証1部における
TOPIXと同様であり、普通株式全銘柄を構成銘柄として
時価総額加重平均型株価指数の形で行われている。数値は
2006年1月16日にピークの2800.68ポイントをつけたが、その後は
ライブドアショックを機に下降線をたどり、
2008年10月10日には269.41ポイントと、ピークの10分の1以下の水準にまで落ち込んだ。株価指数が3年弱で10分の1以下に下落するような騰落率は、先進国の市場においては異例である。この要因として、マザーズにおいて圧倒的な取引額・時価総額を誇っていた
ライブドアが
ライブドア事件を起こし株価暴落・
上場廃止に至ったことや、ライブドア事件を機に投資家や市場関係者の間でマザーズ全体に対する強い不信感が広がったことなどが挙げられる。また日本における他の新興市場と同様に、マザーズにおいては
デイトレーダーをはじめとする個人投資家による取引が東証1部に比べ活発であったため、
サブプライムローン問題などで個人投資家が損失を抱えた場合には
追証や売買高減少などの影響を受けやすい環境にあったことも原因となっている。
マザーズを構成する個別銘柄においても、上場時には一株純資産の100倍以上と過剰な期待価格がつけられながら、上場直後の最高値(時には初値)をピークに数ヶ月で下落の一途を辿り、数年後には最高値の100分の1以下(中には1万分の1以下)に下落するような銘柄も珍しくない。これらの事象から、マザーズにおいては上場審査が正常に機能していないのではという批判が、市場関係者や専門家から聞かれる。
