形態論的には動詞は音素レベルまで分解して考えられ、動詞には子音語幹動詞と母音語幹動詞に分けられる。子音語幹動詞はいわゆる
五段活用であり、変化しない語幹部分を子音までと捉える。なお学校文法でいう-a, -i, -u を伴った語幹は
語基と呼ばれる。これらは子音の連続を避けるために緩衝として母音が挿入されたものである。母音語幹動詞はいわゆる
上一段活用・
下一段活用・
上二段活用・
下二段活用であり、語幹が/i/か/e/で終わるものとして分析される。学校文法では動詞の終止形をそれぞれ別個の活用形と考えるが、-uという
語尾があり、子音語幹動詞にはそのまま接続するが、母音語幹動詞に接続する場合は母音連続を避けるためrが挿入されたものと考えられる。なお
サ行変格活用や
カ行変格活用は不規則動詞の一部に含まれ、語幹はsやkのみと考えられる。なお語尾のうちさらに語尾の接続を要求するものを学校文法では助動詞として品詞分類しているが、そのような考え方は取られず、動詞に新たな語幹ができると考える。例えば「書く」の本体はkakであり語幹はkであるが、これに使役を表す語尾-(s)ase-を付けてkakaseとすると語幹はeとなり、母音語幹動詞となる。これに-(r)uをつけて文を終わることもできるが、さらに丁寧を表す-(i)mas-をつけてkakasemasuとすることができる。