Hisタグを持ったタンパク質をニッケルイオンを含む担体に結合した状態でカラムに充てんし、
バッファー(
ウォッシュバッファー (Wash Buffer) )を流すと、同じカラム内に存在するHisタグを持たないタンパク質などはバッファーとともにカラムの外へ洗い出される。十分な量のウォッシュバッファーを流したのち、高濃度(200 mM程度)の
イミダゾール (Imidazole) を含むバッファー(
溶出バッファー (Elution Buffer) )を流すと、His残基と構造が似たイミダゾールがニッケルイオンに結合することにより、Hisタグ部分が担体から外れカラムの外に溶出され、これを回収することでHisタグのついた対象のタンパク質を純度よく得ることが出来る。